當色譜柱壓力升高，色譜柱峰形發生變化如出現嚴重拖尾、肩峰甚至峰分岔，分離度降低，這些都強烈提示色譜柱受到汙染。
可采用以下步驟處理：
- 如係統接有在線過濾器和保護柱，首先排查在線過濾器與保護柱，進行更新替換。日常操作中，當壓力升高10%或柱效降低10%時，就應考慮更換在線過濾器和/或保護柱。
- 使用高比例的有機溶劑進行衝洗(請注意避免鹽析出，通常可使用梯度升高法，然後維持在高比例甚至100%有機溶劑條件下)。此操作通常可洗去大部分汙染物。
- 如有機溶劑清洗不能解決問題，可采用如下方法進行色譜柱的清洗和再生。根據樣品性質以及你所了解的汙染物性質選擇清洗方法，用20倍柱體積(即，對於4.6x250mm柱，相當於80mL)的HPLC級溶劑清洗色譜柱，將流動相溫度升至35-55˚C可提高清洗效率。
- 可以考慮對色譜柱進行倒衝，特別是當問題表現為壓力急劇升高，提示有顆粒型物質直接堵塞於色譜柱入口端篩板處時。操作時，將色譜柱倒接，並與檢測器斷開。使用低流速0.2ml/min，進行過夜衝洗，並封堵檢測器入口及出口端以免溶劑揮幹產生氣泡。甚或，將色譜柱小心的打開，直接更換柱入口端篩板。
- 備注：以上衝洗和再生程序為反衝！
